Markdown a été créé en 2004 par John Gruber avec pour but d'être un mode de composition simplifié des pages HTML (et d'autres langages par ailleurs). Le site GitHub en fait une grande utilisation dans ses compositions de pages, rendant la déclaration relativement universelle, même si l'interprétation qui en est faite est parfois différente d'un navigateur à l'autre.
Par défaut, comme markdown est un sur-ensemble de HTML, alors tous les documents HTML sont valides pour Markdown. Cela veut dire que l'on peut utiliser tous les éléments HTML dans Markdown et qu'ils ne seront pas interprétés par le parser Markdown. Cependant, si vous utilisez du HTML dan votre markdown, vous ne pourrez pas utiliser de syntaxe Markdown dans cet élément. Sinon cela revient à faire une boucle entre les interpréteurs.
L'utilisation des tags HTML
<!-- et -->est valide dans Markdown.